清淨修持
明、清兩代不乏嚴密的宗教管制措施，帝王在宮廷內對宗教的態度卻不盡相同；此一特色，亦體現於宮廷製作或典藏的相關書籍。明初皇帝較親近佛教，從御旨雕印藏經到內府繕寫佛經，所在多有；最具代表性者，即明成祖分建漢經廠與番經廠，專門從事漢、藏文佛經刊印。世宗、神宗篤信道教，不僅宮中法事頻繁，更有不少欽定道經科儀的典藏。滿洲人受鄰近蒙古影響而親近藏傳佛教，紫禁城內各式佛堂便多達四十餘處；宮廷編纂刊印之滿、漢、藏各語文藏經佛典，也成為本院極富特色的宗教圖書珍藏。
明代宮廷與佛、道二教互動熱絡。明宣宗朱瞻基（1399-1435）曾詔華嚴宗高僧慧進（1355-1436）入宮主持鈔寫華嚴、般若、寶積、涅槃四大部經，係以金字寫在宣德磁青紙特製之羊腦箋上，工藝精卓，書法端秀；今僅《大寶積經》與《大般涅槃經》完整傳世，皆為國立故宮博物院典藏。
宣德三年（1428），由宮廷畫師商喜彩繪、沈度（1357-1434）鈔寫的《真禪內印頓證虛凝法界金剛智經》，雜揉儒、釋、道三教思想，圖像與內文亦和雲南阿吒力教有關，梵文字體則是西藏流行的「蘭查體」，反映當時漢藏交流密切的風氣，也帶有明顯的密教色彩，是一部獨特的修法儀軌經孤本。
明世宗朱厚熜（1507-1567）篤信道教，愛好神仙方術，甚至在宮中置辦齋醮（即道場、法事）。嘉靖十年（1531）重刻的《太上洞玄靈寶高上玉皇本行集經》，乃道士齋醮必誦的經典。此本卷首保留了誦唸《玉皇經》經文之前的「啟闕」（請神）文字，是一部可實際運用於齋醮儀式的科儀完整本。
大寶積經- 唐 菩提流志等譯
- 明宣德五年（1430）內府泥金寫本
真禪內印頓證虛凝法界金剛智經- 明 不著譯人
- 明宣德三年（1428）沈度寫商喜彩繪本
- 本院暫行分級「國寶」
太上洞玄靈寶高上玉皇本行集經- 宋 梓童帝君校
- 明嘉靖十年（1531）刊本
清康熙朝內府泥金寫本藏文龍藏經- 清康熙八年（1669）內府泥金藏文寫本
- 本院暫行分級「國寶」
清康熙六年（1667），玄燁（1654-1722）親政未及旬月，孝莊太皇太后動議寫造《甘珠爾》；在皇帝支持以及母家蒙古科爾沁部族援助下，獨排眾議，動員龐大人力、經費及物資，不到兩年，修得一部「鑲嵌珠寶，磁青箋泥金書西域字《龍藏經》」，共一百零八函。內容包括秘密、般若、寶積、華嚴、諸經及戒律六大部，是總集釋迦牟尼畢生傳授「教法」暨所制「律典」之藏文譯本。
《龍藏經》乃大清國第一部藏文大藏經，裝幀考究、工藝精緻、富麗堂皇。為尊藏此經，不僅翻修慈寧宮花園佛堂，還重新繪製經房檐牆懸掛佛像一百零八幅；所有新造佛經、佛像、法器，遵循佛教儀軌舉行誦經開光儀式，歷時五日，完成太皇太后虔誠供奉的心願。
清乾隆朝內府泥金寫本藏文甘珠爾經- 清康熙八年（1669）內府泥金藏文寫本
- 本院暫行分級「國寶」
藏文藏經將經典文獻分為二類：一為「甘珠爾」，意指來自釋尊所言的翻譯，包含印度佛教「三藏」概念中的「經藏」與「律藏」；一為「丹珠爾」，係佛陀教法的翻譯，也就是經律注釋與相關著作，即「論藏」。康熙八年完成的《龍藏經》與永樂八年（1410）舉世首部雕版《甘珠爾》，都是傳承自十四世紀中拉薩蔡寺所編「蔡巴本甘珠爾」。
清高宗弘曆（1711-1799）嘗謂自己從乾隆八年（1743）起，即誦習蒙古及西番字經典，五十年間，「幾于究心討論，深識真詮」。乾隆三十五年（1770），適逢皇帝六旬聖壽並將屆崇慶皇太后八旬壽慶，除了廣修佛寺供奉佛像，另仿照《龍藏經》規制而尺寸略微縮小，再度鈔寫一部《御製甘珠爾》，祝壽祈福。
清文繙譯全藏經- 清乾隆五十九年（1794）內府刊朱印本
- 本院暫行分級「國寶」
為事在人，成事在天。天而不佑，事何能成？人而不為，天何從佑？
──弘曆〈清文繙譯全藏經序〉清代康熙、雍正、乾隆三朝，陸續編修、鈔寫或刻印多部涵蓋藏文、蒙古文與漢文等不同語種的藏經，獨闕滿文。有鑑於清語、騎射乃國之根本，乾隆皇帝遂專設「清字經館」，譯刻《清文繙譯全藏經》。相關籌備工作，最早可追溯自乾隆三十六年（1771）底；全部翻譯工作在五十五年（1790）二月完竣；實際刷印暨裝潢則要到五十九年（1794）四月全部結束。弘曆啟動國語譯經後不久，又開館纂修《四庫全書》，原本唯恐有生之年無緣親覩二部大書告成，卻在八旬壽慶之年如願得償，堪稱乾隆朝最重要的兩項兼具政治與文化意涵的國家工程。
翻譯大藏經，係由三世章嘉國師若必多吉（1717-1786）擬訂條例，皇帝隨時審正裁定。譯師往往需同時參較蒙、漢、藏等不同底本，再譯作適切的滿文；儘管翻譯品質良莠不齊，猶不失為豐富的語言文獻寶庫。全經一百零八函（另有目錄一函）皆以朱色刷印，裝潢「照依妙應寺供奉之蒙古秘密經式樣」，護經板所繪七百零九尊神尊帶有濃厚的藏傳佛教特色，亦具有佛教圖像藝術內涵與研究價值。
