清代軍機處除抄錄奏摺副本外，也依經辦之文件分類，另以楷書謄錄一份，並按月裝訂成冊，備供日後查閱，是為月摺檔。軍機處登錄之檔冊種類繁多，內容涵蓋各種公文收發、文移往返紀錄、歷朝皇帝的公開或機密性諭旨、以專案形式記錄清廷平定地方動亂或對外戰事的檔冊，以及與軍機處日常例行事務相關的紀錄等。軍機處係襄助皇帝處理公務的單位，本單元選展之件可說明軍機處於雍正年間成立後在清代政府組織中的重要地位。
隨手登記檔
簡稱隨手簿或隨手檔，為官員所呈奏摺文書之收發登記簿。內載奏摺事由、諭旨摘由，硃批全載，並依奉硃批日期逐件登錄。軍機處值日章京例須將當天收到之公文登記完竣，其稱為「隨手」，謂不可積壓，隨手辦理之意。
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月摺檔
為軍機處將發下已奉硃批或未奉硃批的臣工奏摺，逐日抄檔，按月分裝俾便存案備查的檔冊。月摺檔每月一冊至六冊不等，另有滿文譯漢月摺檔，每季一冊或半年一冊。此類檔案所錄奏摺多為地方事件，數量甚多，可補現存宮中檔或軍機處檔闕漏。
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方本上諭檔
方本上諭檔是匯抄各種諭旨的一種檔冊，所記內容，包括明發上諭、寄信上諭、奉旨事件以及特諭，為清代最高且最具權威之文書。因其檔冊外型方正，故稱為《方本上諭檔》，又以其按春、夏、秋、東四季編成一冊或二冊，故又稱為四季檔，具體反映清代皇帝處理國家大政之命令與方針。
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專案類檔冊
軍機處檔冊中之專案類檔冊，是以事為綱，依時間發生先後抄繕成冊之檔案。院藏專案類檔冊可分三類：一、清代用兵鄰封、整理邊界之檔冊，如緬檔、廓爾喀檔等；二、剿辦秘密教派或地方民變檔冊，如東案檔、剿捕檔等；三、平定少數民族動亂檔冊，如苗匪檔、金川檔等。詳細記錄清代重大事件發生經過以及清廷的處理過程。
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收發電檔
清代光緒十年(1884)以後全國性的電報網敷設逐漸完成，自此開啟了晚清通訊近代化的歷程。而地方官員奏報與朝廷傳達諭旨，也相繼透過電報，揭開清代文書傳遞的重大革新。院藏電報類檔冊時間集中於清末宣統年間，文字簡短，但內容廣泛，是研究清末築路開礦、金融商貿、教案民變、外交僑務、鎮壓革命與軍事戰爭等一手史料。
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